Можно ли управлять двигателем через компьютер (по usb)? Usb вентилятор.

Конечно можно. Нужен микроконтроллер, например АТ90USB162, а дальше драйвер управления двигателем.

На USB разъеме компьютера нерегулируемые 5 вольт. И изменить это напряжение в самом компьютере невозможно. Остается регулировать "снаружи", а это танцы с бубном.

Можно, но не напрямую, а при помощи отдельного контроллера.