Подать заявление о смене паспорта можно только через паспортный стол или самому через ФМС?

ФМС.

в ФМС . с этого года паспортные столы ликвидировали. но все зависит от места. где Главы по-людски относятся, то оставили специалиста который может документы принимать. (только принимать! -такое право имеет