жеребёнок (3-х месячный) постоянно махает хвостом и трётся задом об стену? это может быть признаком глистов?

да, вызывай ветеринара.
У моего соседа конюшня своя, он говорил, что нужно прописывать лекарства специальные и промывать

Могли и просто покусать, мухи то надоедливые, а коняшки далеко не розочками панут. Уж простите, но мы анализов провести не можем, обратитесь к реальным людям.