У помидоров внутри что-то чёрное немножко. Почему оно такое и можно ли такие есть?

Вырезать. Это или фитофтора или совка побывала (если дырочка на шкурке есть).

Портятся уже, но не отравишься

Вырежьте и ешьте. Фитофтора (попадает на помидоры при холодном влажном тумане) ничего страшного. Помидоры собраные поздним августом подвержены этому)))