Если сломать линейку, то проиходит отталкивание молекул?

Нет. При этом расстояние между молекулами увеличивается до такого уровня, что перестают действовать силы взаимного притяжения между молекулами. Поэтому линейка ломается. Собиранием отдельных её частей невозможно получить целую линейку, поскольку эти части нельзя сблизить на такое расстояние, что силы взаимного притяжения между молекулами будут действовать.
Отталкивание молекул является более короткодействующим чем притяжение, т. е. действует на меньших расстояниях. Поэтому между молекулами существуют промежутки.