Проблемы могут быть по абсолютно любому поводу. Это бюрократия, и чтобы от нее чего-то добиться, надо хорошо понимать правила, по которым она функционирует. Если Ваш наниматель этим никогда не занимался и при этом не готов потратиться на услуги специализированного юриста, у него может ничего не получиться просто потому, что он подаст неправильно оформленные бумаги в неправильно выбранное время.
Прежде всего, какую именно визу Вы оформляете? Мой внутренний телепатор подсказывает, что H-1B. Если так, то Вам надо будет послать диплом на независимую оценку. Делается за пару недель, стоит порядка 200 долларов. С результатами независимой оценки USCIS не спорит.
Далее, документы обязательно надо подавать в первую неделю апреля, иначе можно не попасть в квоту. Разрешение на работу при этом дадут (если дадут) действительное с 1 октября. Тот факт, что Вы общаетесь с нанимателем по этому поводу в конце октября, как бы намекает на то, что наниматель абсолютно не в теме и понимает, что и когда ему надо делать...