Удержания из заработной платы работника для погашения его задолженности работодателю могут производиться: при увольнении работника до окончания того рабочего года, в счет которого он уже получил ежегодный оплачиваемый отпуск, за неотработанные дни отпуска. Удержания за эти дни не производятся, если работник увольняется по основаниям, предусмотренным пунктом 8 части первой статьи 77 или пунктами 1, 2 или 4 части первой статьи 81, пунктах 1, 2, 5, 6 и 7 статьи 83 настоящего Кодекса ( из статьи 137 ТК РФ) . Обратите внимание - "удержания могут производиться". А есди у Вас при расчете получать нечего, то и удержать ничего не могут.
Проще попытаюсь. Если Вы получили отпуск за уже отработанное время, то нет конечно их просто учтут в компенсации при увольнении. Если отпуск предоставлен "авансом", то удержат в пределах сумм под расчёт. Если суммы не хватает, то могут предложить Вам внести эту сумму, но это возможно только при обоюдном согласии. В случае отказа, работодатель имеет право обратиться в суд, но дело бесперспективное.
Но может понять и простить, но это мало вероятно.