Решение о квалификации следователь принимает самостоятельно. Во всяком случае, формально.
В данном случае есть сомнения в том, что квалификация будет изменена. Фокус в том, что 159 ч. 2 - подследственность следствия; 159 ч. 1 - дознания. Соответственно, в случае переквалификации придется уже расследованное уголовное дело передавать в дознание, т. е. делать чужую работу. Я думаю, следствие будет искать способы этого избежать.
Кроме того, как я понял из описания, изменение версии должно обелить второго фигуранта. Соответственно, уголовное преследование в отношении него должно быть прекращено по реабилитирующим основаниям. Следствию это тоже не надо.
Думаю, надо все же обращаться к юристу в реале, проговаривать все детали дела и определяться с версией. Простое колхозное изменение версии может даже ухудшить ситуацию.