Приказ Минздравсоцразвития противоречит ФЗ

Дело в следующем: Федеральным законом № 294-ФЗ "О защите прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей при осуществлении государственного контроля (надзора) и муниципального контроля" фактически предусмотрено право ИП или представителя ИП и Юр. лица присутствовать при проведении проверки. А вот один из приказов Минздравсоцразвития называет случаи когда этого права у ИП и юр. лица нет. И, естественно, представители Роспотребнадзора ссылаются именно на удобный приказ, при том что если смотреть по ФЗ, то проверка проведена с огромным количеством нарушений. Как же быть? Ссылаться ли на это противоречие в суде (дело о назначении административного наказания) ?

P.S. Найденное противоречие прямо влияет на исход дела.