Военкомат дал направение в поликлинику. Как оформить уход с работы на это время? Чтобы не было прогула.

Направление от военкомата является уважительной причиной отсутствия на работе. Поэтому вы не должны писать заявление, а достаточно сдать в ОК повестку (направление) , которая будет служить основанием к приказу об освобождении вас от работы в связи с прохождением медосмотра по направлению военкомата. Либо можете позвонить работодателю и устно уведомить. В табеле (в день отсутствия) проставляется буквенный код "Г".
Вам к сведению: согласно ст. 170 ТК РФ работодатель обязан освобождать работника от работы с сохранением за ним места работы (должности) на время исполнения им государственных или общественных обязанностей в случаях, если в соответствии с федеральным законом эти обязанности должны исполняться в рабочее время.
Кроме того, на время прохождения медосмотра за вами сохраняется средний заработок (ст. 6 ФЗ от 28 марта 1998 г. № 53-ФЗ "О воинской обязанности и военной службе")