что в стоматологии хуже-свищ или киста зуба?

Оба хуже. Свищ - это признак кисты, которая нагноилась, прорвалась, но никуда при этом не делась.
Зуб удалять, кисту вылущивать - однозначно. \
Можно, конечно, попробовать сделать резекцию корня.