Полностью согласна с Просто Марией - вы должны настроить свою программу в соответствии с учетной политикой. А амортизация может относиться как к прямым расходам, так и к косвенным, в зависимсти от того где вы используете основные средства и НМА.
Иногда просто удивляешься - "программа отнесла ", за вас, что учет ведет программа? А вы тогда зачем нужны как бухгалтер? Комп. программа только помагает вам вести учет, а настраивать ее в соответствии с налоговым и бухгалтерским законодательством, следить за правильностью отражения и начисления, контролировать результат должны вы сами.
программа относит расходы так, как вы ее настроили. в соответствии с вашей учетной политикой. если у вас малое предприятие, можете вообще все расходы на прямые относить (кроме прочих).