Каким образом микроконтролер управляет автоматическойй линией если он может выдавть лиш 1 и 0?

Да он выдаёт эти 1 и 0 в тот момент когда это необходимо. И очень быстро...

Он выдает не просто 1 и 0, он выдает серию 0 и 1. и эти 0 и 1 передаются по проводам определенным "шифром" - они идут с разным напряжением. Например 1 имеет 12 Вольт, а 0 имеет 3 Вольта. А приемник получает такой сигнал и преобразует его у себя обратно в код и расшифровывает команду.

нет, он может выдавать от 4 до 32 (упрощенно) нулей или единиц одновременно.
4 - это 2^4 - т. е 16 вариантов комбинаций единиц и нулей. Каждую такую комбинацию можно сделать командой или параметром.
Уже достаточно чтоб эффективно управлять игрушечной машинкой.
Допустим, если контроллер 16-битный, то 2^16=65536 вариантов. Ну, вы понели

В итоге он управляет аналоговыми силовыми ключами. Выдал единицу силовой транзистор открылся-моторчик закрутился-машинка поехала. Ноль-машинка стоит. Это если сильно сильно упрощать.

В отличии десятичной системы счисления в вычислительной технике применяется ДВОИЧНАЯ. Там только 0 и 1. Этими двумя цифрами можно изобразить любое число. Набор из двух чисел называется БИТ, из восьми чисел (нулей и единиц) БАЙТ. В зависимости от того сколько байт одновременно сможет считать процессор (разрядность) зависит его быстродействие.