как реагируют на таможне если открываешь шенген в одну страну, а летишь сначала в другую

Таможня проверяет не паспорта, а багаж. Пограничники реагируют в зависимости от конкретной ситуации, от предоставленных им документов, броней (если они попросили) .
И запомните, наконец, влетать/въезжать/вбегать/вползать в шенгенскую зону можно через ЛЮБУЮ страну, при этом в 1й поездке (если мультик, при однократке - собственно в этой единственной поездке) очень желательно въезжать через ту страну, которую Вы указали в п. 23 анкеты на визу!
Этот пункт важен и нужен для понимания консульством при последующих запросах на визу, почему у Вас иные штампы на визе: если указывали в п. 23 страну этих иных штампов - нет никаких претензий и вопросов!) )
Доступ к анкетной информации имеют и пограничники всех стран шенгена, при возникновении проблемных ситуаций и вопросов к въезжающему они могут запросить данную информацию, чтобы проверить: целевое ли использование визы? не обманывал ли человек консульство ее выдавшее? совершает ли он поездку по заявленному плану (более или менее) или же совершенно в другую степь намылился и страну выдачи визы проигнорирует?

таможня не при чем для начал)

потом ...вам никто не даст въехать НЕ в ту страну, куда у вас открыта виза. вот выехать можно из любой.