наличие долов при перелете учитывают только при пересечении страны или вообще при любом перелете?

Наличие долгов, причём только в том случае, если ваше дело о задолженности уже передано гос. органам, учитывается при выезде за пределы страны, независимо от вида транспорта.

Перелёты тут вообще ни при чём.

Что такое "наличие долов"?

Наличие долгов, скорее всего при пересечении границы, там где есть "паспортный контроль"