Почему при запуске определенных программ изменяется разрешение экрана,

Либо проблемы с драйвером к видеокарте, либо приложение (запускаемая программа) при запуске выставляет маленькое разрешение для гарантированного запуска (н-р программа не знает как работать с вашей видеокартой, а при неверном разрешении вы получите чёрный экран и не сможете выставить нужное) , с тем чтобы в дальнейшем пользователь выставил оптимальное разрешение вручную.