Чтобы переустановить Винду, её файлы должны быть обязательно на диске или можно на флешке? Есть ли разница ?

Можно и с флешки. С флешки быстрее, может даже и надежнее.

если материнка поддерживает загрузку с флешки -пожалуйста

Можно и на флешке, только там помоему чето в биосе надо настроить, не знаю че, мне винду друг переустанавливал.

Винда - лучше с самозапускного диска ДВД (загрузку с СД-ДВД - заранее задать в БИОСе)
Но если ставишь вторую ось, то можно находясь в первой, сразу запустить откуда хошь
Лично я так делал

Переустанавливала несколько раз, но всё почему-то на диске.

если биос видит флешки, то конечно лучше сделать загрузочный диск на ней

Сам флэшку не делал но подумываю об этом, здесь посмотри инфу создания загрузочной флэшки:
http://voprosi4ek.ru/sozdat-zagruzochnuyu-fleshku/

разница когда один еб*т, а другой дразница , !