сама оплачиваю медкомиссию. я могу пройти её где угодно?

Как заметил Евгений, медкомиссию должен оплачивать работодатель; в вашем случае он должен просто возместить ваши затраты на медкомиссию

Где хотите, главное, чтоб у лицензия была у медучреждениЯ