как поставить на учет в гаи автомобиль отечественного производства но с японским мотором.

Да, придётся экспертизы делать, чтобы внесение изменений в конструкцию признали безопасной. Это очень сложно и долго.
Мы с другом в гаи такое внесение за 3000р. сделали + 5000 техосмотр.