Почему когда русские победили во 2 мировой войне, одни немцы оставили столицу в Берлине, а другие перенесли её в Бонн?

Не немцы это решали.

В зоне оккупации СССР (ГДР) -- Берлин,
в зоне оккупации стран союзников (ФРГ) -- Бонн, как временная столица.

Так весь Берлин был в окружении ГДР и не имел даже общей границы с ФРГ.

для всего мира столица ГДР называлась Восточный Берлин, только 2 страны называли её Берлином -ГДР и СССР.
этот вопрос был не в компетенции побеждённых немцев.

Герма́нская Демократи́ческая Респу́блика — социалистическое государство, основанное 7 октября 1949 года в советской зоне оккупации Германии и восточном (советском) секторе Берлина.
Провозглашение ГДР состоялось спустя пять месяцев в ответ на создание на территории трёх западных оккупационных зон ФРГ

Сталин не принял План Маршалла. ГДР образовал после того как собрал атомную бомбу.

Германию раскололи на 2-е зоны-капиталистическую и социалистическую (со своими столицами в каждой зоне).

Германию разделили на Советскую ( восточную) и Союзническую (западную) зоны оккупации, позже из0за ряда разногласии сформировалась на западе ФРГ со столицей в Бонне, чуть позже в советской зоне ГДР, со столицей в Берлине, после объединения Германии в 1991 столицу перенесли в Берлин