если заказчик принес не 100% сумму за товар. Сделал предоплату, какой документ он получает на руки, как подтверждение?

Не поняла, почему на ОСНО необязательно приходовать наличные деньги в кассу с выдачей кассового чека. Насколько я знаю, не применять ККМ при продаже товара могут только на ЕНВД. И при УСН и при ОСНО выдаются и кассовый чек, и корешок приходного ордера (без ПКО можно обойтись, без кассового сложнее принять в расходы). ИМХО

Вы приходуете деньги в кассу, делаете приходный ордер и ему отдаете квитанцию к приходному ордеру на сумму предоплаты.

Если организация на УСНО, то квитанцию к ПКО с кассовым чеком, если на ОСНО, то достаточно квитанции...

Либо кассовый чек с ПКО либо БСО и ПКО.