Как правило, ген. директора назначают на определенный срок, оговоренный Уставом Общества, т. е заключается срочный трудовой договор. С заместителем заключен бессрочный трудовой договор, а бессрочный трудовой договор нельзя перевести на срочный. Поэтому через ДС, переводом вы не можете оформить назначение нового директора, только через увольнение и прием. Следовательно, старый трудовой договор расторгнуть по п. 1 ч. 1 ст. 77 ТК РФ и заключить новый трудовой договор (вместо ДС) , теперь уже с генеральным директором на основании решения участников. В трудовую вносится запись не переведен на должность ген. директора, а назначен ген. директором