Устройство кальвинистской церкви заметно отличалось не только от католической, но и от лютеранской. Она не имела церковной иерархии. Все дела решала община, которая объединяла несколько десятков верующих. Они выбирали руководителя общины - пресвитера. Каждая община была самостоятельной и независимой от других, но между собой они поддерживали связи для обмена опытом, а при необходимости и для совместных действий. Пресвитеры имели право вмешиваться в семейную и личную жизнь членов общины и даже наказывать их. Порой такой строгий контроль и поощрение доносов на соседей заканчивались острыми конфликтами между горожанами.
Не существовало у кальвинистов и возведенного в сан духовенства. Служил и читал проповедь пастор, которого избирали из числа людей образованных и красноречивых. Периодически пресвитеры и пасторы проводили совместные сборы. Они назывались консисторией, которая была высшим органом руководства духовными и светскими делами общины. Кальвинистский церковный культ требовал исключительной простоты и строгости, в храмах удаляли алтари, распятия, свечи, пышные одежды и украшения. Отрицалось почитания икон и реликвий, использование органа. Ничто не должно было отвлекать от сосредоточенной молитвы.
Кальвинистская церковь имела демократическую, по сравнению с другими, организацию, и это вызывало симпатии к ней простых людей. Часть дворянства, недовольного усилением королевской власти, привлекало то, что Кальвин признавал за подданными право на свержение правителя. Женевский реформатор утверждал: если правитель мешает делу веры, сопротивление ему - священный долг. Деловые круги оценили идеалы труда, накопления и бережливости, заложенные в учении Кальвина. Все эти достоинства обеспечили кальвинизму множество сторонников. Наряду с лютеранством он распространился на значительные территории. К кальвинизму примкнула часть населения Англии, Франции, Нидерландов, Германии, Скандинавских стран, Шотландии, Венгрии, Чехии, Польши. Впоследствии те европейцы, кому за религиозные убеждения пришлось спасаться от преследования властей и эмигрировать, перенесли идеи кальвинизма в Америку.