Скажите, можно ли указать в трудовом договоре гибкую систему оплаты труда?

не согласна. Что значит "Гибкая система отплаты труда"??? У вашего работника должен быть четко закрепленный оклад или тарифная ставка. И он суммой должен быть прописан в трудовом договоре. У нас система оплаты оклад+премия. Поэтому я в т/д пишу сумму оклада, а про премию пишу "Согласно положения о премировании"

Да без проблем можно указать и даже нужно!