Коммунальная компания может взыскивать с должников процент за пользование (395ГК) или 1/300 Ст. Р ЦБ?

А Вы что: связаны с этой компанией трудовыми правоотношениями?
Это только в трудовых правоотношениях на основании ст. 236 ТК РФ с работодателя взыскивается процент в размере не ниже одной трехсотой действующей в это время ставки рефинансирования Центрального банка Российской Федерации от не выплаченных в срок сумм за каждый день задержки начиная со следующего дня после установленного срока выплаты по день фактического расчета включительно.
В Вашем же случае (по всей видимости) с этой компанией отношения гражданско-правовые, поэтому применяется ст. 395 ГК РФ.