хочу прописать сына, который находится в другом городе. обязательно ли его присутствие? свой паспорт он передаст

Извините, а зачем это нужно?

Не получится прописать. Прописки в России нет уже 19 лет!

У нас в России заявительная форма регистрации, если сын совершеннолетний, то он должен подписать соответствующее заявление на регистрацию.

Прописать к любому из родителей ребенка можно, с согласия того к кому прописуют
А заявление можно прислать ребенку по почте, или ребенок может написать свою доверенность, заверенную нотариально, что доверяет отцу проводить операцию с пропиской

Передавать свой паспорт кому угодно запрещено КОАПом. Гражданин обязан бережно хранить свой паспорт.
Для регистрации ваш сын обязан лично обращаться с заявлением в органы ФМС и регистрироваться он обязан там, где реально проживает, а не там где ему захотелось.