должна ли я выделить долю мужу в новой квартире (при покупке квартиры использовался материнский капитал)?

При покупке квартиры вы должны представить свидетельство о браке. И на основании свидетельства о браке и при наличии отказа от долевой собственности, подписанное мужем в присутствии нотариуса- тогда вы приобретёте квартиру без доли мужа. Если муж не откажется от доли, то госрегистратура не зарегистрирует покупку так, как хотите вы.

конеш) он же тоже принимать участие в зачатие ребенка)

это все равно вы вместе заработали- так что делить придется.