Сын был отчислен из института, восстановлен. В военкомате справку из деканата о его восстановлении не принимают

При восстановлении в том же ВУЗе общий срок обучения не должен увеличиваться. А у вас он видимо увеличился, а поэтому военкомат и не принимает справку. Если это не так, то поясните ситуации во всех подробностях.

Ну судьба, отслужит человеком станет. А то так бы и прожил всю жизнь козлом

Не всегда после востановления продолжается отсрочка.

Про отсрочки читайте тут - http://gvka.ru/zakon/zakon/zakon4/#24