пришло вот такое письмо из налоговой (внутри) . Что бы это значило и к чему готовиться?

Согласно п. 1. Статья 226. НК РФ, Российские организации от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога на доходы и именуются налоговыми агентами.
2. Исчисление сумм и уплата налога в соответствии производятся в отношении всех доходов налогоплательщика, источником которых является налоговый агент.
5. При невозможности удержать у налогоплательщика исчисленную сумму налога налоговый агент обязан не позднее одного месяца с даты окончания налогового периода, в котором возникли соответствующие обстоятельства, письменно сообщить налогоплательщику и налоговому органу по месту своего учета о невозможности удержать налог и сумме налога.

Таким образом, ООО "МКО" должна была бывшему сотруднику направить письмо, поясняющее за какой период и в связи с чем не был удержан и перечислен НДФЛ за Вашего брата.

Если такого письма не было, советую написать в письменной форме запрос в МКО (2 экз. первый зарегистрироватьь и оставить себе)