Есть ли на диске Д системные файлы?

Есть скрытые папки (относятся к системе)
System Volume Information
RECYCLER (корзина)

если винда устанавливалась по умолчанию, то НЕТ 🙂

Если установишь на него винду или загрузчик - будут))

Нет, если ты сам их не перекидывал.

зависит от того куда была установлена операционная система

не должно быть а воще от системы зависит