Имеет ли значение каким цветом ручки подписывать кассовые документы? Например расписываться в ведомости на выдачу з/п?

Каких-либо особых требований к цвету чернил указанный Порядок не содержит.

Таким образом, кассовые документы могут быть заполнены чернилами черного цвета.

Кстати, в отношении расчетных банковских документов возможность применения пасты, чернил черного цвета прямо предусмотрена п. 2.8 Положения о безналичных расчетах в Российской Федерации, утвержденного ЦБ РФ 03.10.2002 № 2-П.
Согласно п. 2.8 этого документа расчетные документы на бумажном носителе заполняются с применением пишущих или электронно-­вычислительных машин шрифтом черного цвета, за исключением чеков, которые заполняются ручками с пастой, чернилами черного, синего или фиолетового цвета (допускается заполнение чеков на пишущей машинке шрифтом черного цвета) . Подписи на расчетных документах проставляются ручкой с пастой или чернилами черного, синего либо фиолетового цвета.