А какими проводками провести взаимозасчет в двух организациях (за кого оплатили и кто оплатил)

Надо знать кто кому должен и сколько. И кто кому платил. Составляете двухсторонний акт взаимозчета и закрываете суммы. Если непонятно, тогда пишите суммы зад-ти каждой .организации.