Либо родственникам отдать на время (недели 2-3), либо в зоогостиницу. Вообще-то, когда берут суку и кобеля для разведения, обычно как-то заранее продумывают эту ситуацию - что делать с кобелём во время течки у суки.
Но на самом деле многие люди держат кобелей и сук в одной квартире и не разделяют их на время течки. Ну, то есть, я имею в виду, не увозят кобеля, а держат их в разных комнатах. Первые 2-3 течки да, кобель будет скулить, нервничать, отказываться от еды, но потом привыкнет. Если вы всю жизнь планируете так жить, лучше сразу начать приучать. Вы же не будете (надеюсь) вязать суку каждую течку, это вредно для её здоровья, и минимум раз в год вам нужно будет решать проблему, куда девать кобеля. Поэтому лучше уж сразу решить этот вопрос.
Чтобы кобелю было легче, заранее начните давать ему "Кот Баюн" - это безвредное успокоительное на травах, которое применяют в таких случаях. Дают его курсом несколько дней. Кобель будет спокойнее относиться к запаху течки.
Ну и, конечно, нужно почаще проветривать помещение, мыть суке соответствующее место, опрыскивать её маскирующим запах течки спреем типа "Антикобелин" (продаётся в зоомагазинах) , возможно, надевать ей специальные трусы. Тогда запах будет меньше, кобель будет меньше беспокоиться.