почему признание еретика считалось главным в следствии?

Так легче всего.
Искать доказательства в такой нелепой вещи очень сложно.
У еретиков доказательства своей правоты абсолютно такие же, как и у христиан и иже с ними.

Потому что признание - это слабость.... А когда еретик сознается в своей слабости, это означает, что и его учение не верное и силы в нем нет.. . А значит истина на стороне правосудия или инквизиции...

Дело велось так. "Ведьму" опускали на 5 минут в воду. Если она тонула, значит была невиновна, а если не тонула, значит ей помогал дьявол и ее сжигали на костре.

Так евреями решалась проблема перенаселения гоев

Признание королева доказательств.
(С) Вышинский

вот именно, почему? когда достаточно трех свидетелей... откуда дровишки?
Некоторые иноки говорили преподобному Агафону: «Мы слышали о тебе, что ты блудник и гордец? » Он отвечал: «Это правда» . Они опять спрашивают его: «Ты, Агафон, пустослов и клеветник? » Он отвечал: «Да» . И еще говорят: «Ты, Агафон, еретик» ? Он отвечал: «Нет, я не еретик» ! Тогда спросили его: «Скажи нам, почему ты на первые вопросы соглашался, а последнего не вынес» ? Он ответил: «Первые пороки я признаю за собою, ибо это признание полезно душе моей, а быть еретиком — значит быть в отлучении от Бога, но быть отлученным от Бога я не хочу» (Архиепископ Никон (Рождественский))