Имеют ли право банки брать деньги за за кассовую операцию при оплате кредита в самом банке

Имеют. (Кассир ведь работает, и ему зарплату с чего то платить надо. :))
Банки устанавливают размер комиссии самостоятельно. В кредитном договоре написано, что вы согласны с их тарифами.
Действующие Тарифы посмотрите на сайте вашего банка.