есть ли разница между кооперативными организациями и коммерческими организациями? если да, то в чем? если да, то в чем?

Есть разница, конечно. Потому что НЕ все кооперативы - это коммерческие организации.
Производственные кооперативы (артели) относятся к коммерческим, а вот потребительские кооперативы (ЖСК, ГСК, кредитные) - это уже некоммерческие.