Где можно найти описание программы Far Manager,. а именно как скрытые файлы, которые не видит система сделать видимыми.

Зайди в меню кнопкой F9. иди в раздел "Options" там тыкай в пункт "Panel settings" и сразу первая же "галочка" - "Show hidden files" и будет той, которая ответственна за показывание скрытых файлов.