На
\documentclass[a4paper,12pt]{article}
\usepackage[margin=0.8in]{geometry}
\usepackage{amsfonts}
\usepackage{hyperref}
\hypersetup{
colorlinks=false,
pdfborder={0 0 0},
}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[russian]{babel}
\usepackage{underscore}
\usepackage{amsmath}% http://ctan.org/pkg/amsmath
\begin{document}
$X =\left[ \begin{array}{ccc} \rho_n(-|\widetilde{T_n}|,\widetilde{T_n}) & \rho_n^{2013}(-|\widetilde{T_n}|,\widetilde{T_n})-\frac{\pi}{\rho_n(-|\widetilde{T_n}|,\widetilde{T_n})} & x_{11} \\ \varphi_{2013}-\omega_{2012} & \frac{\sqrt{3}}{\sigma^2} & \chi^2 \\ \frac{n+(n-2)^3}{\sqrt{3}} & 33 & \varphi_{31} \\ 1 & 0 & x_{41} \\ 1 & \frac{f(\xi)+1}{e^{2013}+e^{-2013}} & 2009\end{array} \right] (1)$
\end{document}
З. Ы. Я бы использую тильду \widetilde, для такой как у тебя можешь поставить просто \tilde
вроде у mordraq верно, я б добавил перед (1) команду \qquad
или записал
$$ X =\left[....\right] \eqno(1)$$