Где были построены первые мануфакторы в России?

В Москве.
Это были казенные мануфактуры - Пушечный двор, Оружейная палата, Бархатный двор в Кремле, казенная ткацкая фабрика и др.
А так же железноделательные заводы в Туле, построенные голландскими купцами и производившие вооружение для армии.