Однозначного ответа нет. Вариантов много. У вас возможно да же то, что на прямую и не связано.
Во первых, что за винда.
Если XP, то как вариант, её посетили вири или что то с ними связанное (есть такие проги, что изначально они совершенно безопасны, а потом.... )
Да же если у вас и семёрка, то не исключено аналогичное действие.
Второе. У вас проблемы с железом. А именно с жёстким диском.
Сделать скандиск диску С со всеми галочками (предложит перезагруузку и выполнятся будет долго, клавиатуру не трогать)
Далее. Сделать сСleaner-ом чистку временных файлов и до кучи - реестра
И в конце сделать дефрагментацию диска С
Третье. Тут немного сложнее. Здесь надо смотреть что у вас в автозагрузке ещё стоит. Если предыдущее не помогло, то вам лучше всё же позвать понимающего специалиста, что бы он посмотрел что у вас понавешано в системе.