В какой программе можно сделать подобную анимацию и переходы для видео? Cinema 4D подойдет? http://youtu.be/HLLxaHVBlo8

Отчего ж нет - подойдёт. -)
Однако, думается мне, что это просто цельнотянутый проект со всяких videohive'ов-)
Анимация же там - АЕ'шная. .

P.S. xтобы не быть голосовным, предполагаю подобный проект, только без деревяшки на заднике-)
videohive.net/item/ipad-desktop-presentation/2129448?sso?WT.ac=search_item&WT.seg_1=search_item&WT.z_author=Puk