ВНЖ не сделал вас гражданином РФ. Предполагаю, что вы либо единственный родитель, либо второй родитель также гр. Армении. Поэтому ваш ребенок не может являться гр. РФ.
Граждане Армении могут находиться на территории только при наличии у них паспорта гр. Армении, который выдается с рождения и обменивается при наступлении определенного возраста. Поэтому УФМС не может зарегистрировать вашего ребенка гр. Армении без установленных международным Соглашением документов (в соглашении свидетельство о рождении для гр. Армении не указано) , вне зависимости от места рождения и возраста.
Обратитесь в консульство Армении за документами.