куда платить этот 3-НДФЛ? . в письме написано что приглашают для предоставления пояснений и\или заполнения декларации.

В налоговую надо.
а) Если проданный автомобиль был у вас во владении больше трех лет, и есть документы, это подтверждающие (договор купли-продажи, накладная на авто) – то налог платить не придется.
б) Если проданный автомобиль был у вас во владении меньше трех лет, но есть документы, подтверждающие, что сумма приобретения авто больше суммы продажи – то налог платить не придется.
в) Если вы продали автомобиль за сумму менее чем 125000 рублей – то налог платить не придется.
г) Если же вы владели автомобилем менее трех лет, никакие документы, подтверждающий его первоначальную стоимость не сохранились, и сумма продажи превышала 125000 руб, то вам придется заплатить налог из следующего расчета:
(Сумма_продажи – 125000) х 13%. Сумма налога округляется по общим правилам до целых чисел.