ИП купил авто, через год продает. 3НДФЛ он сдает отдельно или просто включить эту сумму в доход от предпринимательства?

В одну форму 3-НДФЛ включить.
Стоимость продажи авто - доходы, стоимость покупки авто - расходы.

Если в 2011 это было расходом, тогда в 2012 это будет доходом. Вот вам и плюсы с минусами на какой системе сидеть, доходы минус расходы или только с доходов.
Так у вас лизинговый автомобиль, значит вы его покупали ежемесячными частями и списывали в расход также частями лизинговые платежи. Если после окончания лизингового периода в ГИБДД вы поставили на учет автомобиль как физическое лицо, то предполагаю, что необходимо будет заплатить 13% и заполнить 2НДФЛ, если вы поставили на учет как ИП, то при продаже налог придется заплатить если вы на 6% как ИП на доходах, если вы поставили на учет автомобиль как ИП и сидите на доходы минус расходы, тогда налог платить не придется.

Декларация 3НДФЛ сдается одна единственная по всем доходам и расходам, всем социальным и имущественным вычетам. Не может быть двух деклараций за один период у налогоплательщика с одним ИНН, их просто не примут.

Авто уже было в расходах по предпринимательской деятельности в 2011 году? Т. е. Вы списали в расходы сразу всю стоимость основного средства? Велика вероятность что налоговая снимет часть расходов и доначислит налог за 2011 год. Авто приобреталось для личных целей или для предпринимательских, грузовое или легковое?
Использование легкового в предпринимательской деятельности будет сложновато обосновать...

Нет такого понятия, как поставить машину на учет, как ИП.