Как быть если в 1ом квартале по ККМ была отбита сумма меньше чем по ПКО и счет-фактуре, а сейчас уже 3ий квартал?!

Переделайте кассу - это выход. Что бы не переделывать полностью - отрегулируйте 71сч. , но в 3-м кв. -обязательно "добейте" недостающую сумму