можно ли отличить необходимое ограничение в правах от нарушение прав и свобод?

Да, можно. К примеру, военнослужащие имеют ограничения по передвижению по территории России, связанные со спецификой службы. Эти ограничения компенсируются рядом предоставляемых льгот (повышенный размер оплаты, бесплатный проезд, процентные надбавки и т. д.) . Нарушение же связано с прямым запретом на действия, предусмотренные Конституцией РФ и федеральными законами. Например, нарушения права на жилище, на свободное высказывание своих взглядов, на вероисповедание и т. д.