Индивидуальный предприниматель, который выплачивает заработную плату своим работникам, должен удержать НДФЛ с выплаченной суммы по ставке 13% и перечислить его самостоятельно в бюджет.
Поэтому Скорпиоша права, перечитайте внимательно свой договор. Что в нем указано про срок его действия, условия расторжения договора.
Если он всё-таки окажется трудовым договором (т. е. про НДФЛ что-то Ваш ИП напутал) , то у Вас есть всего лишь 1 месяц со дня увольнения чтобы подать в суд. Если договор гражданско-правового характера, то 1 год со дня расторжения договора (в данном случае это не трудовой спор) .
То, что у Вас не было мед. книжки, то это вина работодателя, который допустил Вас к работе.
P.S. В суд Вам нужно будет привести доказательства того, сколько часов Вы отработали, за которые Вы требуете оплату, за что Вам полагаются проценты по договору. Т. е. у Вас должны быть на руках документы, где бы отражалась Ваша фактическая работа у данного ИП.