мой сын хочет идти в армию по контракту он ст. лейтенант служил, высшее образование, в нашем военкомате как офицеру отказал

Там кадровые офицеры ранее отправленные в запас в очереди стоят на подписание нового контракта, а вы хотите что бы пиджака в армию взяли. А в армии иногда офицеры даже на сержантских должностях стоят, лишь бы из армии не выгнали. Так что вакансии ему скорее всего не будет. Вот если бы он сам себе где-то место для службы нашел и взял у командира части отношение, то тогда еще бы были какие-то варианты. Хотя и в этом случае не факт, что военкомат его будет оформлять.