снял видео на видео стерео пару, как смонтировать это в анаглиф ?

Чего-чего?
С этого места по-подробней.
Стерео - это стерео, а анаглиф (типа, объёмное изображение) идёт со смещением красного и синего каналов влево/вправо.
Нахрена тогда вообще было делать стереозапись, если потом убивать её до состояния анаглифа?