Сколько по времени делается загранпаспорт у отслуживших в армии?

столько же, сколько и у не отслуживших.

Армия тут вообще ни при чем.
Единственное, если в армии оформлялся допуск - могут быть проблемы. Хотя "секретность" можно ведь и не только в армии получить...